Το Τμήμα Εθνομουσικολογίας έχει ως έδρα την πόλη του Ληξουρίου στην Κεφαλλονιά και στεγάζεται στο κτίριο της πρώην Βαλλιάνειου Επαγγελματικής Σχολής (Β.Ε.Σ.). Στο κτίριο αυτό φιλοξενείται η Γραμματεία του Τμήματος, η βιβλιοθήκη, τα γραφεία του διδακτικού προσωπικού και χώρος συσκέψεων, ενώ λειτουργούν και οι αίθουσες διδασκαλίας, το γραφείο φύλαξης, μία αίθουσα συναυλιών, αίθουσα προβών, το εργαστήριο Φυσικής, η αίθουσα μηχανημάτων, το στούντιο ηχογράφησης, όλα τα εργαστήρια των μουσικών οργάνων, το εργαστήριο Πληροφορικής, το εργαστήριο Μουσικής Τεχνολογίας, και διάφοροι αποθηκευτικοί χώροι.